列挙した阻害剤はPMPCB/MPPβを直接阻害するものではなく、むしろミトコンドリアの機能に影響を与え、間接的にミトコンドリアプロセシングペプチダーゼβサブユニットの活性に影響を与える可能性がある。PMPCB/MPPβはミトコンドリアタンパク質の成熟に不可欠であり、その機能は全体的なミトコンドリアの健康と活性に密接に結びついている。従って、ミトコンドリアの機能を破壊または修飾する化合物は、MPPβに下流で影響を及ぼす可能性がある。Oligomycin A、Antimycin A、Rotenoneなどの化合物は、ミトコンドリアの電子輸送鎖の主要な構成要素を標的とする。ATP合成酵素、複合体I、あるいは鎖の他の構成要素を阻害することによって、これらの化合物はミトコンドリアの正常な機能を破壊し、二次的にMPPβと関連する機能であるミトコンドリア前駆体タンパク質のプロセッシングに影響を与える可能性がある。このような障害は、ミトコンドリアタンパク質のプロセシング効率の低下につながる可能性がある。
CCCPやレスベラトロールのような他の化学物質は、ミトコンドリアの動態や生合成に影響を与える。CCCPは酸化的リン酸化の結合阻害剤として作用し、ミトコンドリア膜電位を破壊する。レスベラトロールはミトコンドリアの生合成に影響を与えることが知られており、ミトコンドリアの健康を促進する役割について研究されているが、これは間接的にMPPβの機能に影響を与える可能性がある。さらに、代謝経路への作用で知られるメトホルミンやラパマイシンなどの化合物も、ミトコンドリア機能に影響を与える。メトホルミンのミトコンドリア複合体Iに対する作用は、間接的にミトコンドリアのタンパク質プロセッシングに影響を与える可能性があり、ラパマイシンのmTORシグナル伝達阻害は、ミトコンドリアの生合成と健康に影響を与え、MPPβ活性に影響を与える可能性がある。
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