PHF3の化学的阻害剤には、タンパク質の機能的阻害を達成するために、様々な生物学的経路やプロセスを標的とする多様な化合物群が含まれる。例えば岡田酸は、通常PHF3を脱リン酸化するタンパク質リン酸化酵素PP1とPP2Aを阻害することにより、PHF3を高リン酸化状態に維持する。この過リン酸化は、PHF3の機能的役割を妨げる可能性がある。同様に、MG-132は、プロテアソーム経路を阻害することによって作用し、ユビキチン化されたタンパク質の分解を妨げ、PHF3を機能しない複合体に封じ込めるミスフォールドタンパク質の蓄積につながる可能性がある。トリコスタチンAとSAHA(ボリノスタット)は、いずれもHDAC阻害剤であり、ヒストンのアセチル化を増加させる。このような相互作用は、しばしばヒストンのアセチル化状態に依存するため、PHF3とクロマチンとの相互作用を阻害する可能性がある。
さらに、5-アザシチジンとミトラマイシンAは、それぞれDNAメチル化パターンとDNAへの結合を変化させることによって、PHF3のクロマチン関連機能を妨害し、それによって遺伝子発現を調節するPHF3の能力に立体的またはアロステリックな制約を与える。α-アマニチンは、RNAポリメラーゼIIを直接阻害し、PHF3が働く転写ランドスケープに影響を与える。BETブロモドメインタンパク質を標的とするI-CBP112やJQ1のような化合物は、PHF3が関与する転写ネットワークに間接的に影響を及ぼし、PHF3の調節機能を低下させる。プラジエノライドBは、スプライソソームを阻害することにより、PHF3が関与するRNAスプライシングプロセスを破壊し、一方、PF-477736のChk1阻害は、PHF3が関与する細胞周期制御プロセスに広く影響を与える可能性がある。最後に、UNC0638は、ヒストンメチル化酵素G9aとGLPを標的とし、ヒストンメチル化を変化させ、PHF3とこれらのエピジェネティックマーカーとの相互作用を阻害する可能性がある。
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