ペレグリンの化学的活性化剤は、クロマチンダイナミクスの調節を通じてその影響を及ぼし、機能的活性化につながる。JQ1、I-BET151、PFI-3、CPI-0610、OTX015、RVX-208、GSK525762Aなどのブロモドメイン阻害剤は、ペレグリンのクロマチンとの相互作用能力を高めることができる。これらの阻害剤はBETファミリーのブロモドメインを標的とし、アセチル化ヒストン上の結合部位でペレグリンと競合することが知られている。BETタンパク質を阻害することで、これらの化学活性化剤は競合阻害を減らし、ペレグリンが結合するヒストン上のアセチル化リジン残基の利用可能性を効果的に増加させる。このことは、クロマチンリモデリングと遺伝子発現制御におけるペレグリンの役割にとって極めて重要である。ペレグリンがこれらのアセチル化マークに結合すると、クロマチン構造を調節する機能を発揮し、それによってさまざまな細胞プロセスに必要な遺伝子の転写に影響を与えることができる。
さらに、MS-275、ボリノスタット、パノビノスタット、ベリノスタットなどのヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤は、ヒストンのアセチル化レベルを上昇させる。この高アセチル化によって、よりオープンなクロマチンコンフォメーションが形成され、転写活性化に寄与するだけでなく、ペレグリンとの結合機会も増える。ヒストン上のアセチル化マーク密度を増加させることにより、これらのHDAC阻害剤は間接的にペレグリンの機能的活性化を促進することができる。一方、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ阻害剤であるC646は、ヒストン上のアセチル化のバランスに影響を与え、ペレグリンが結合しやすい環境を作り、クロマチン構造の制御機能を発揮する。このような様々なメカニズムを通して、それぞれの化学的活性化因子は、ペレグリンとクロマチンとの結合を強化することにより、ペレグリンの機能的活性化に寄与し、細胞内の転写ランドスケープに影響を与える。
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