ペカネックス2阻害剤には、ペカネックス2が関与している可能性のある特定のシグナル伝達経路を標的とすることにより、ペカネックス2の機能的活性を間接的に阻害する様々な化合物が含まれる。例えば、シクロパミンは、Smoothened受容体との直接相互作用を介してヘッジホッグシグナル伝達経路を阻害することにより作用する。ペカネックス2がこの経路によって制御される発生過程に関与している可能性があることを考えると、シクロパミンの作用は、細胞の分化状態を変化させることによって、ペカネックス2の活性を間接的に低下させる可能性がある。同様に、PI3K/Akt経路阻害剤であるLY294002とmTOR阻害剤であるラパマイシンは、どちらも細胞の生存と増殖シグナルのダウンレギュレーションに寄与する。もしペカネックス2の機能がこれらの経路に依存しているのであれば、阻害剤の作用は、生存と増殖シグナル伝達の減少によるペカネックス2活性の低下をもたらすであろう。さらに、U0126とPD98059は、それぞれMEK1/2とMEKを選択的に阻害し、それによってMAPK/ERK経路を遮断するが、もしペカネックス2がこの経路によって制御される細胞増殖と分化過程に関連しているならば、間接的にペカネックス2の活性を低下させるであろう。
さらなる阻害剤は、ペカネックス2の機能性に関連する可能性のある細胞内シグナル伝達の異なる側面を標的としている。SB431542はTGF-βシグナル伝達を阻害するので、もしペカネックス2がこの経路の一部であれば、ペカネックス2の活性を低下させる可能性がある。DAPTとXAV-939は、それぞれγ-セクレターゼを阻害し、Axinを安定化することによって、NotchとWnt/β-カテニン経路に影響を与え、もしペカネックス2が細胞運命決定やWnt経路を介する過程に関与していれば、ペカネックス2の活性を低下させる可能性がある。JNK経路阻害剤SP600125、ROCKキナーゼ阻害剤Y-27632、プロテアソーム阻害剤ボルテゾミブはすべて、アポトーシス、炎症、細胞運動性、タンパク質分解を調節することによって機能する。もしペカネックス2がこれらの反応に関与しているならば、その活性はこれらの阻害剤の作用によって間接的に阻害される可能性がある。最後に、SU5402はFGFRを阻害することで、細胞増殖や血管新生などのプロセスに影響を及ぼし、これがペカネックス2と関係しているとすれば、阻害されたFGFRシグナル伝達を通じて間接的にその活性が低下することになる。
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