フォルスコリンとIBMXは細胞内のcAMPを増加させ、プロテインキナーゼA(PKA)の活性化につながる。PKAは様々なタンパク質をリン酸化することができ、その中にはPDZD9と相互作用したり、PDZD9を制御したりするものもある。リン酸化は多くの場合、構造変化を引き起こしたり、タンパク質の相互作用を変化させたりし、タンパク質の機能に下流から影響を及ぼす可能性がある。PMAのような他の化学物質は、プロテインキナーゼC(PKC)を直接活性化する。PKCは、PDZD9のようなPDZドメイン含有タンパク質を含む、広範な細胞内基質をリン酸化するもう一つのキナーゼである。
LY294002やWortmanninのような化合物は、細胞の増殖、代謝、生存を制御する重要なシグナル伝達経路であるPI3K/ACT経路を標的とする。これらの阻害剤によるこの経路の調節は、細胞機能に広範な影響を及ぼす可能性があり、PDZD9にも影響を及ぼす可能性がある。PD98059やU0126のようなMAPK経路阻害剤は、PDZD9の制御と交差する可能性のあるシグナル伝達カスケードを調節することによって、間接的に活性化する別の経路を提供する。それぞれSP600125とSB203580によるJNKとp38 MAPKの阻害は、これらの化学物質がPDZD9活性に影響を及ぼす可能性のあるさらなるメカニズムを示している。mTOR阻害剤としてのラパマイシンの役割は、PDZドメイン含有タンパク質の機能にとって重要なプロセスである細胞増殖とタンパク質合成の調節因子として位置づけられる。KN-93がCaMKIIを阻害することで、細胞内に普遍的に存在するカルシウムシグナル伝達が阻害され、PDZD9のようなタンパク質の機能に影響を与える可能性がある。
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