PCDHB9はプロトカドヘリンファミリーのメンバーであり、脳内の特定の神経細胞の結合を確立・維持する役割を担っており、その活性は様々な細胞内シグナル伝達経路によって調節される。細胞内のcAMPレベルを上昇させる、あるいはその分解を阻止する化合物は、PCDHB9が関与している可能性のある経路を介したシグナル伝達を増強し、それによってその機能的活性を高めることができる。同様に、直接的なイオントフォレーシス作用、あるいはプロテインキナーゼCのようなカルシウム依存性酵素の活性化を介して、細胞内カルシウムレベルを調節する薬剤は、その機能がカルシウムを介したシグナル伝達と関連している場合、間接的にPCDHB9の活性を上昇させる可能性がある。さらに、酸化ストレスの調節や一酸化窒素の供与を介した酸化還元感受性の経路の操作も、そのようなシグナル伝達機構にPCDHB9が関与していると仮定すれば、PCDHB9活性を刺激する効果を持つ可能性がある。
PCDHB9の機能制御には、さらなる細胞プロセスやシグナル伝達分子が関与している。例えば、神経細胞の興奮性を制御するイオンチャネルへの干渉は、間接的にPCDHB9活性に影響を与える可能性がある。細胞内セカンドメッセンジャーのアナログとして作用する化合物は、さらに細胞内でそれらのメッセンジャーの作用を模倣することによってPCDHB9を活性化する可能性を示している。核内レセプターに関与する代謝物の影響と、それに続く遺伝子発現パターンの変化も、PCDHB9の機能に影響を与える可能性がある。さらに、キナーゼ活性が関与するシグナル伝達経路のモジュレーションは、阻害または活性化のいずれによっても、またアゴニストによる受容体を介する経路の関与によっても、PCDHB9活性のアップレギュレーションにつながる可能性がある。
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