脱ユビキチン化酵素であるOTUD4は、ユビキチン化タンパク質の細胞内濃度を増加させる化学物質によって、その機能活性を増強させることができる。MG-132、ボルテゾミブ、ラクタシスチンのようなプロテアソーム阻害剤は、ユビキチン化タンパク質の分解を阻害し、OTUD4の酵素活性により多くの基質を提供する。ユビキチン化タンパク質のプロテアソームへの結合を阻害するユビスタチンや、ユビキチン活性化酵素E1の阻害剤であるPyr-41も、ユビキチン化タンパク質の蓄積をもたらし、OTUD4の脱ユビキチン化機能を高める。広範なDUB阻害剤であるPR-619は、ユビキチン化タンパク質のレベルを増加させることにより、間接的にOTUD4の活性を増強する。
OTUD4の脱ユビキチン化活性は、ユビキチン化タンパク質の細胞内局在と安定性に影響を与える化学物質によってさらに増強される。p97/VCPのアロステリック阻害剤であるNMS-873は、複合体からのユビキチン化タンパク質の抽出を阻害することにより、ユビキチン化タンパク質の蓄積を引き起こす。同様に、リソソーム分解の阻害剤であるクロロキンや、V-ATPaseの阻害剤であるバフィロマイシンA1は、ユビキチン化タンパク質の分解を防ぎ、OTUD4の機能を高める。核外輸送阻害剤であるレプトマイシンBは、ユビキチン化タンパク質の局在に影響を与えることで、OTUD4の活性を高める可能性がある。最後に、NEDD8活性化酵素阻害剤であるMLN4924は、ネディル化タンパク質の蓄積をもたらす。OTUD4はまた、ネディル化タンパク質を脱ユビキチン化することができるので、これらのタンパク質の濃度の増加は、OTUD4の酵素活性をさらに高める可能性がある。さらに、脱ユビキチン化酵素USP14の特異的阻害剤であるIU1は、ユビキチン化タンパク質の蓄積を促進し、それによってOTUD4の脱ユビキチン化活性を高める可能性がある。
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