OTPの阻害剤は、神経発達に重要なこの転写因子の機能低下を達成するために、様々な分子経路を通じて作用する。ある種の阻害剤はmTORシグナル伝達経路を標的とし、OTPの適切な機能に不可欠な転写活性のダウンレギュレーションをもたらす。この経路の下流作用を阻害することにより、これらの化合物は、特定の神経細胞集団の発達に極めて重要なOTPの活性を低下させることができる。同様に、神経系のパターニングと成長に重要な役割を果たすヘッジホッグシグナル伝達経路を変化させることで、OTPの機能制御に影響を与えることができる。これは、OTPが関与する発生過程に関与するシグナル伝達を抑制することによって達成される。このようなアプローチは、OTPの間接的阻害をもたらし、化合物の作用をタンパク質の発生的役割に結びつけることができる。
前述の経路に加え、他の化合物はMAPK/ERK経路とPI3K/ACT経路に関与することで阻害効果を発揮する。この間接的な阻害方法は、OTPの機能発現に寄与する経路を阻害することにより、OTP活性の低下をもたらす。また、Notchシグナル伝達経路やWnt経路を阻害する阻害剤もあり、神経新生や神経細胞分化に変化をもたらし、OTPの活性を低下させる可能性がある。この転写因子が神経発達に関与しているということは、これらの経路を阻害することで、間接的にその活性を低下させる可能性があるということである。同様に、FGFR、ミネラルコルチコイド受容体、CDK、GSK-3、HIFなどを介する経路を阻害する化合物も、神経発達や神経保護の様々な側面に影響を与えることによって、OTP活性の調節につながる可能性があり、これらの阻害化合物が機能するメカニズムのスペクトルを完成させる。
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