テトラサイクリンとその誘導体であるドキシサイクリンは、リボソームサブユニットに結合し、mRNA-リボソーム複合体へのアミノアシルtRNAの結合を阻害することが知られており、その結果、この複合体の一部であるMRP-L35の機能を阻害することになる。クロラムフェニコールは、ミトコンドリアのリボソームのペプチジルトランスフェラーゼ中心に結合することによってその効果を発揮し、タンパク質鎖の伸長に不可欠な酵素活性を阻害し、それによってペプチド合成におけるMRP-L35の役割に影響を及ぼす。同様に、リネゾリドは細菌リボソームのリボソームRNAに結合するが、このリボソームは進化の起源を共有しているためミトコンドリアリボソームと類似しており、翻訳の開始を阻害する。この結合は、翻訳開始複合体の形成を阻害することにより、MRP-L35の適切な機能を阻害する可能性がある。エリスロマイシンやロキシスロマイシンのようなマクロライド系抗生物質は、リボソームの出口トンネルに結合し、新生タンパク質鎖の伸長を妨げる閉塞を引き起こす可能性があり、トンネルに近接していることによるMRP-L35阻害の役割を示唆している。
クリンダマイシンのようなリンコサミド系抗生物質は、リボソームの50Sサブユニットに結合し、トランスペプチド化反応を妨害する。リファンピシンは、伝統的に細菌のRNAポリメラーゼを標的としているが、構造的類似性からミトコンドリアのRNA合成に影響を与え、それによってMRP-L35のタンパク質合成への関与に影響を与える可能性がある。ペプチド抗生物質であるアクチノニンは、新しく合成されたペプチドをその後の翻訳工程に備える酵素であるペプチジルデフォルミラーゼを阻害する。ピューロマイシンはアミノアシルtRNAを模倣することによって早すぎる鎖終結を引き起こし、不完全なタンパク質となり、タンパク質合成におけるMRP-L35の正常な役割を妨げることになる。最後に、ヌクレオシド類似体であるジドブジンはミトコンドリアDNAに取り込まれ、毒性とミトコンドリア機能障害を引き起こす可能性がある。
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