MPPED2の化学的阻害剤には、酵素と様々な形で相互作用してその機能を阻害する様々な物質が含まれる。広範囲のプロテインキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、MPPED2活性の制御に関与するキナーゼシグナル伝達経路を抑制することにより、間接的にMPPED2の阻害につながる。その結果、MPPED2の最適な機能に必要なタンパク質のリン酸化が減少する。同様に、PP1やPP2Aのようなタンパク質リン酸化酵素を特異的に標的とするオカダ酸は、細胞内のリン酸化の微妙なバランスを崩し、MPPED2の制御、ひいてはその活性を変化させる可能性がある。一方、オルトバナジン酸ナトリウムは、タンパク質チロシンホスファターゼを阻害し、その作用によって、MPPED2の活性にとって重要なチロシンリン酸化状態の変化を引き起こす可能性がある。
さらに、MPPED2の酵素機能は、金属イオンの存在によって直接影響を受ける可能性があり、塩化亜鉛は、MPPED2の活性に必要な金属補酵素と競合する可能性があり、それによってMPPED2を阻害することで、このことを示している。V-ATPase阻害剤であるバフィロマイシンA1は、細胞内のpHとプロトン勾配を乱し、MPPED2の機能を調節する可能性がある。糖タンパク質に結合することで知られるコンカナバリンAは、MPPED2のグリコシル化パターンを変化させ、MPPED2のフォールディングと安定性に影響を与える可能性がある。カルシニューリンを阻害するシクロスポリンAは、MPPED2を制御する可能性のあるカルシニューリン経路を阻害し、その阻害につながる可能性がある。対照的に、テトラブロモビスフェノールAは、MPPED2の活性に不可欠な臭素化パターンを阻害し、阻害をもたらす可能性がある。チロシンキナーゼシグナル伝達経路を遮断するゲニステインの役割は、もしそれらの経路がMPPED2の活性化に関与していれば、MPPED2の阻害につながる可能性がある。メタロプロテアーゼ阻害剤であるホスホラミドンは、MPPED2とメタロプロテアーゼの間に機能的な関係があれば、MPPED2の活性に影響を与える可能性がある。最後に、α-ケトイソカプロエートと2-メルカプトベンゾチアゾールは、それぞれ分岐鎖アミノ酸の代謝を阻害し、MPPED2のメタロホスホエステラーゼ活性に必要な金属イオンをキレートすることによって、MPPED2を阻害することができる。
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