Mot1阻害剤は、Mot1の機能的活性に直接影響を与えるか、その阻害につながるシグナル伝達事象に影響を与える化学物質である。WortmanninとLY294002はPI3K阻害剤で、細胞内のATP産生を減少させることにより、Mot1のATPアーゼ活性に間接的に影響を与えることができる。これは、細胞のATP産生を促進するシグナル伝達経路におけるPI3Kの役割によるものである。一方、トリフルオペラジンとベラパミルは細胞内のカルシウムシグナル伝達に影響を与える。トリフルオペラジンはカルモジュリンを阻害することによって、ベラパミルはカルシウムチャネルをブロックすることによって、これを行う。カルシウムイオンはMot1のATPアーゼ活性に影響を与えることが知られているため、カルシウムシグナル伝達におけるこれらの変化は、間接的にMot1のATPアーゼ活性に影響を与える可能性がある。
2-デオキシ-D-グルコース、タプシガルギン、ニゲリシン、オリゴマイシンA、モネンシン、バリノマイシン、アジド、およびFCCPは、細胞内のATP産生に影響を与えることによってMot1のATPアーゼ活性に影響を与えうる他の阻害剤である。2-デオキシ-D-グルコースは解糖を阻害し、タプシガルギンはSERCAポンプを阻害し、ニゲリシンとバリノマイシンはミトコンドリア膜を横切るイオン勾配を破壊するイオノフォアであり、オリゴマイシンAはATP合成酵素を阻害し、アジドはチトクロームCオキシダーゼを阻害し、FCCPは酸化的リン酸化のカップリングを解除する。
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