Morc1の化学的阻害剤には、Morc1の機能にとって重要な細胞内のエピジェネティック機構を主な標的とする様々な化合物が含まれる。ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)の阻害剤であるトリコスタチンAは、クロマチンの状態をよりオープンにし、Morc1のDNAへのアクセシビリティを制限する。このようなクロマチン配列の変化は、Morc1の正常な機能を阻害する。なぜなら、Morc1はその標的と適切に関わるために、ある特定のクロマチン配列に依存しているからである。別のHDAC阻害剤であるモセチノスタットも同様の原理で作用し、ヒストンのアセチル化状態に影響を与え、Morc1の活性を阻害する形で遺伝子発現パターンを変化させる可能性がある。エンチノスタット、パノビノスタット、ボリノスタット、ロミデプシン、ベリノスタットなどの他のHDAC阻害剤も、クロマチン環境の調節に寄与しており、Morc1がクロマチン構造と相互作用して修飾したり、その機能に重要な他のタンパク質複合体と結合したりするのを阻害している可能性が高い。
ニコチンアミドは、脱アセチル化酵素の一種であるサーチュインを標的とし、Morc1の細胞内での役割に重要であると考えられるタンパク質の脱アセチル化を阻害することによって、間接的にMorc1を阻害する。この阻害は、Morc1と相互作用する可能性のあるアセチル化タンパク質の蓄積につながり、Morc1の活性に影響を与える。BIX-01294とRG108は、それぞれヒストンメチルトランスフェラーゼとDNAメチルトランスフェラーゼを阻害し、メチル化が変化した環境を作り出す。この環境は、Morc1がその機能を実行する際に相互作用する可能性のあるメチル化の景観を変化させることによって、Morc1を阻害する可能性がある。ヌクレオシドアナログである5-アザシチジンとデシタビンはDNAとRNAに取り込まれ、DNAメチル化酵素を阻害する。この低メチル化は、Morc1の制御的役割に重要なシグナル伝達経路やクロマチン状態を破壊し、その機能を阻害する。細胞のエピジェネティックな状態に対するこれらの化学的阻害剤の総合的な影響により、Morc1を阻害することができる複数の手段が提供され、DNAや他のタンパク質へのアクセスや相互作用を支配するアセチル化とメチル化の複雑なバランスに焦点が当てられる。
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