ミダシンの化学的阻害剤は様々なメカニズムで作用し、細胞内でのミダシンの働きを阻害する。例えばオリゴマイシンAはミトコンドリアのATP合成酵素を標的とし、細胞全体のATPプールを減少させる。ミダシンがATP依存性シャペロンであることを考えると、結果として生じるATPの利用可能性の低下は、ミダシンのATPアーゼ活性を直接制限する可能性がある。ブレフェルジンAは、ミダシンが小胞輸送に関与しているゴルジ装置の構造と機能を破壊し、ミダシンの関連する活性を阻害する。デオキシスペルグアリンは、ミダシンのコシャペロンとして働く熱ショックタンパク質に結合し、相互作用を阻害し、ミダシンのシャペロン活性を効果的に阻害する。イオノフォアであるモネンシンは細胞内のpHとイオン勾配を乱し、ミダシンの活性に必要な最適pHを変化させ、ミダシンの活性を阻害する。
さらに、ツニカマイシンによるN-結合型グリコシル化の阻害は、糖タンパク質であるミダシンに影響する。不適切なグリコシル化はミスフォールディングと不安定性を引き起こし、機能阻害をもたらす。シクロヘキシミドはタンパク質合成を阻害し、間接的にミダシンのタンパク質合成依存性に影響を与える。パクリタキセルによる微小管の安定化は、細胞分裂の際にミダシンが介在する機能を含め、微小管ダイナミクスに依存する細胞プロセスを障害する可能性がある。クロロキンは酸性小胞のpHを上昇させ、ミダシンのpH依存性プロセスを阻害する可能性がある。ラパマイシンによるmTORシグナル伝達の阻害は、タンパク質合成の減少につながり、ミダシンの活性を制限する可能性がある。ミトマイシンCのDNA架橋作用は、ミダシンが核小体機能に関与するものを含む細胞プロセスを阻害する可能性がある。レプトマイシンBはエキスポーティン1に結合することにより核外輸送を阻害し、核細胞質輸送におけるミダシンの役割を阻害する可能性がある。最後に、エメチンのリボソーム伸長阻害はタンパク質合成を抑制し、新しく合成されたタンパク質の絶え間ない供給に依存しているミダシンの活動を間接的に阻害する可能性がある。
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