ジテルペンであるフォルスコリンは、アデニ リルシクラーゼに直接作用し、細胞内cAMPレ ベルの上昇を触媒する。この二次メッセンジャーは、 幅広い基質特異性を持つ酵素であるPKAを 活性化する能力を持ち、多くのタンパク質とその 機能を変化させる可能性がある。同様に、IBMXはcAMPとcGMPのレベルを上昇させ、これらのメッセンジャーに依存する経路の活性を効果的に維持または増強する。エピガロカテキンガレートのようなポリフェノールは、抗酸化作用を通じて影響力を行使し、シグナル伝達カスケードに影響を与え、細胞環境を安定化させ、タンパク質の機能に影響を与える可能性がある。酪酸ナトリウムに代表されるヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、クロマチンをリモデリングし、遺伝子発現パターンをシフトさせるが、この作用はMGC33894のようなタンパク質の制御にも及ぶ可能性がある。クルクミンは、NF-κBのような転写経路の中核に入り込み、それによってタンパク質の発現と活性のシフトを組織化する可能性がある。
レチノイン酸と1,25-ジヒドロキシビタミンD3は、それぞれの核内受容体に結合することで、広範な遺伝子ネットワークに命令を下し、一連のタンパク質の発現と機能を再調整する可能性がある。デキサメタゾンは、グルココルチコイド受容体を介して、免疫・炎症性タンパク質に影響を及ぼす遺伝子発現の再プログラミングを指揮する。PD98059やLY294002のようなキナーゼ阻害剤は、それぞれMAPK/ERKやPI3K/AKTのようなシグナル伝達経路を微調整し、タンパク質の活性に広範な影響を及ぼす可能性がある。mTOR阻害剤であるラパマイシンは、細胞増殖と代謝のマスターレギュレーターとして機能し、タンパク質活性の調節に関係している。典型的なキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、シグナル伝達カスケードを調節する能力を有し、広範なタンパク質活性に影響を与える。
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