MCTS2の化学的阻害剤には、タンパク質の機能に必要なシグナル伝達経路や酵素活性を阻害する様々な化合物が含まれる。よく知られたキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、シグナル伝達経路におけるMCTS2の活性化に不可欠なリン酸化過程を阻害する。同様に、wortmanninとLY294002はともにホスホイノシド3-キナーゼ(PI3K)を阻害し、通常MCTS2の活性化につながるはずの下流のシグナル伝達を効果的に減衰させる。PI3K経路を阻害することにより、これらの阻害剤はMCTS2が関与するシグナル伝達カスケードを阻害する。U0126とPD98059は、MCTS2の上流にあるMAPK/ERK経路のMEK1/2を特異的に標的とする。MEK1/2に対するこれらの阻害作用は、通常MCTS2の機能を増強するはずの下流のシグナル伝達が欠如することによるMCTS2活性の低下につながる。
p38 MAPキナーゼ経路では、SB203580は選択的阻害剤として機能し、キナーゼがタンパク質に影響を及ぼすのを阻止することによってMCTS2活性の低下をもたらす。MCTS2の制御に関与するもう一つのキナーゼであるJNKは、SP600125によって標的とされ、JNK活性を抑制することにより、対応するシグナル伝達経路におけるMCTS2の役割を減少させる。ラパマイシンは、MCTS2を制御するPI3K/ACT経路の中心的構成要素であるmTORを阻害し、タンパク質の活性を低下させる。MCTS2が関与する様々なシグナル伝達経路を調節するプロテインキナーゼC(PKC)は、GF109203XとRo-31-8220の両方によって阻害され、MCTS2の機能的活性を低下させる。PP2はSrcキナーゼファミリーの阻害剤として、MCTS2を制御するものを含む複数の標的のリン酸化を阻害し、それによってタンパク質の活性を低下させる。最後に、イマチニブはMCTS2を制御する経路に関与するBcr-Ablキナーゼとc-Kitを標的とし、これらのキナーゼを阻害することでMCTS2の活性を低下させる。
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