MCTS1の化学的阻害剤には、MCTS1の活性に必要な特定のシグナル伝達経路や酵素を標的とすることで、タンパク質の機能を阻害する様々な化合物が含まれる。強力なプロテインキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、MCTS1が属するシグナル伝達カスケード内のタンパク質のリン酸化状態を破壊し、その機能を阻害する。同様に、LY294002とWortmanninは、MCTS1の活性を間接的に制御する重要なシグナル伝達カスケードであるPI3K経路を標的とする。PI3Kを阻害することにより、これらの化合物はMCTS1活性に寄与するであろう下流のエフェクターの活性化を抑制する。ラパマイシンは、細胞増殖とタンパク質合成経路の中心的構成要素であるmTORを阻害することにより、さらに下流に作用し、細胞内のタンパク質合成の状況を変化させることにより、間接的にMCTS1の機能阻害につながる。
MEK阻害剤PD98059とU0126、そしてp38 MAPキナーゼ阻害剤SB203580は、MCTS1を制御する役割を持つMAPK/ERK経路内の主要なキナーゼの活性を低下させる。これらのキナーゼを阻害することにより、MCTS1の活性に関連する下流の標的のリン酸化とそれに続く活性化を防ぐ。JNK阻害剤であるSP600125は、MCTS1関連経路のタンパク質の活性に影響を与えるキナーゼを阻害することにより、同様の作用を示す。さらに、ゲフィチニブとエルロチニブはEGFRチロシンキナーゼを選択的に阻害する。EGFRチロシンキナーゼは、MCTS1に影響を及ぼすリン酸化事象のカスケードを開始することが知られている。この受容体チロシンキナーゼを阻害すると、MCTS1の機能的活性に関与する下流タンパク質の活性化が低下する。ラパチニブもまた、HER2とEGFRの両チロシンキナーゼを特異的に標的とすることでこのグループに加わり、MCTS1の活性を調節するはずの下流のシグナル伝達経路の活性化を阻害する。最後に、ソラフェニブは複数のチロシンプロテインキナーゼを阻害し、その結果、いくつかのシグナル伝達経路がダウンレギュレーションされ、MCTS1の機能にとって重要なタンパク質のリン酸化と活性化が減少することにより、MCTS1が阻害される。
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