Ly-49Bの化学的阻害剤は、ナチュラルキラー(NK)細胞の機能と交差する様々な生化学的経路を介して阻害効果を発揮することができる。メトトレキサートはジヒドロ葉酸還元酵素を阻害し、プリン合成を抑制し、細胞増殖を制限する。この作用により、Ly-49B発現細胞は刺激に応答して増殖する能力が損なわれ、その増殖が制限される。シクロスポリンAとFK506は共に、Ly-49Bを発現する細胞を含む様々な免疫細胞の活性化に重要な転写因子であるNFATの活性化に不可欠なリン酸化酵素であるカルシニューリンを標的とする。NFATの活性化を阻止することにより、これらの阻害剤はLy-49Bを発現するNK細胞の機能的応答を抑制することができる。同様に、ラパマイシンは、細胞成長と増殖の中心的調節因子であるmTORを標的とし、それによってLy-49Bを発現するNK細胞の活性化と増殖を抑制する。
グルココルチコイド受容体作動薬であるデキサメタゾンは、サイトカイン産生を抑制し、Ly-49Bを発現する細胞を含む免疫細胞の活性化状態を低下させる。その結果、これらの細胞のエフェクター機能が低下する。スルファサラジンによるNF-κBの阻害は、NK細胞のサイトカインを介する反応を低下させ、Ly-49Bを発現する細胞の活性化を低下させる。イマチニブとダサチニブは、NK細胞の活性化に不可欠なシグナル伝達経路を破壊するチロシンキナーゼ阻害剤として機能し、それによってLy-49Bの活性を制限する。マラビロクは、CCR5拮抗薬として、Ly-49B発現細胞の移動と局在を阻害し、組織内でのエフェクター機能に制限を加えることができる。レナリドミドは、免疫細胞における特定タンパク質のユビキチン化と分解を促進し、Ly-49B発現NK細胞におけるシグナル伝達経路を障害する可能性がある。プロテアソーム阻害剤であるボルテゾミブは、タンパク質のターンオーバーに影響を及ぼし、Ly-49Bの機能を阻害しうる正常な細胞プロセスを破壊する。最後に、JSH-23は、NF-κBの核内転座を阻害することができ、活性化刺激に対するLy-49B発現NK細胞の転写応答をさらに制限し、それによって免疫応答における活性化とそれに続く作用を低下させる。
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