スタウロスポリンやキレリスリンのような化合物は、多くのタンパク質のリン酸化、ひいては活性状態を制御する上で極めて重要なタンパク質キナーゼを標的とすることで効果を発揮する。これらのキナーゼを阻害することで、LOC729562のようなタンパク質の活性化状態を変化させ、その機能を変化させることができる。PI3KとmTORは、細胞増殖と生存の重要な調節因子であり、それぞれLY294002とラパマイシンによって特異的に標的とされる。これらの経路の阻害は細胞の生理学的状態の変化をもたらし、LOC729562を含む関連タンパク質の活性を抑制する可能性がある。U0126とPD98059も同様に、細胞分裂を制御する中心的な経路であるMAPK/ERKシグナル伝達カスケードを標的とし、間接的に多数のタンパク質の機能に影響を及ぼす可能性がある。
シクロヘキシミドやブレフェルジンAのような化合物は、タンパク質合成や輸送のような基本的な細胞プロセスを破壊し、様々なタンパク質のレベルの低下や誤った局在を引き起こす可能性がある。ウィスコスタチンのアクチン重合経路への影響や、SP600125のストレス活性化プロテインキナーゼ経路の調節は、細胞構造やストレス反応に重大な影響を及ぼし、広範なタンパク質の活性に影響を及ぼす可能性がある。
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