フォルスコリンはアデニル酸シクラーゼの触媒として働き、それによってcAMPレベルを増幅し、このメッセンジャーに反応するタンパク質を活性化する。PMAは、幅広いタンパク質を基質とする酵素であるプロテインキナーゼCを活性化し、リン酸化依存的な制御メカニズムに影響を与える可能性がある。イオノマイシンのようなカルシウムイオノフォアは、多くのシグナル伝達カスケードにおいて極めて重要なイオンである細胞内カルシウムを増加させる経路を提供し、カルシウム結合タンパク質に影響を与える可能性がある。
よく知られたmTOR阻害剤であるラパマイシンは、オートファジー過程を促し、この経路で分解または再利用されるタンパク質に影響を与える可能性がある。SB203580、LY294002、U0126、SP600125のような阻害剤は、それぞれMAPK、PI3K/Akt、MEK、JNKシグナル伝達経路内の主要なキナーゼを選択的に標的とし、それによってこれらの経路に複雑に関連するタンパク質のリン酸化状態とその結果としての活性を変化させる。トリコスタチンAはヒストン脱アセチル化酵素を阻害し、5-アザシチジンはDNAメチル化酵素を標的とし、それぞれ転写の変化や様々なタンパク質のアップレギュレーションを引き起こす可能性がある。レスベラトロールとクルクミンは、細胞ストレス応答と炎症の中心であるサーチュインとNF-κB経路に関与し、それによって関連タンパク質の活性を調節する。
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