LOC100041388阻害剤には、AKTシグナル伝達経路で極めて重要な役割を果たしているホスファチジルイノシトール3キナーゼの阻害剤であるWortmanninとLY294002がある。PI3Kの阻害は、AKTのリン酸化と活性の低下につながり、AKT経路によって制御されているタンパク質に影響を与える可能性がある。もしLOC100041388の活性がPI3K/AKTシグナルによって調節されているならば、これらの化合物は間接的にその活性を低下させる可能性がある。同様に、PD98059とSB203580はマイトジェン活性化プロテインキナーゼ経路を標的とし、PD98059はMAPK/ERK経路の重要なキナーゼであるMEKを阻害し、SB203580はp38 MAPKを特異的に阻害する。これらのキナーゼの阻害は、MAPKシグナル伝達に活性が依存しているタンパク質を含む、下流の標的の活性低下につながる可能性がある。
SP600125、PP2、Y-27632は、それぞれJNK、Srcファミリーキナーゼ、Rho関連プロテインキナーゼの阻害剤として機能する。これらのキナーゼを阻害すると、広範なタンパク質のリン酸化状態が変化し、活性や安定性に影響を及ぼす。ZM-447439、KN-93、PD173074は、それぞれオーロラキナーゼ、Ca2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII、線維芽細胞増殖因子受容体を阻害することにより作用し、それぞれ細胞機能とタンパク質制御の異なる側面に影響を与える。BML-275は、細胞の増殖や分化を含む様々な生物学的プロセスに重要な経路である骨形成タンパク質シグナル伝達の阻害剤として作用する。トーリン1は、mTOR阻害剤として、タンパク質合成にグローバルな影響を及ぼす。
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