Lce3fの化学的阻害剤は、様々な細胞的・分子的メカニズムを通して阻害効果を発揮することができ、それぞれこのタンパク質の機能を阻害するアプローチが異なる。どちらもヒストン脱アセチル化酵素阻害剤であるトリコスタチンAとSAHAは、ヒストンのアセチル化状態を変化させることでLce3fを阻害することができる。この変化は、Lce3f遺伝子への転写装置の接近性を低下させ、それによってタンパク質の発現を減少させる。同様に、5-アザシチジンはDNAメチル化酵素を阻害することによってゲノムレベルで作用し、Lce3fの経路を制御する遺伝子の脱メチル化と潜在的な再発現をもたらし、その阻害に寄与する。対照的に、MG-132やボルテゾミブのようなプロテアソーム阻害剤は、Lce3fの機能や制御に重要なタンパク質の分解を阻害し、その機能状態を破壊する。
一方、シクロヘキシミドやピューロマイシンのような阻害剤は、タンパク質合成機構を直接標的とする。シクロヘキシミドはタンパク質伸長の転位ステップをブロックし、Lce3fの合成を阻止する。一方、ピューロマイシンは早すぎる鎖終結を引き起こし、不完全で非機能的なLce3fポリペプチドの合成につながる。アクチノマイシンDとα-アマニチンはともにRNAポリメラーゼを阻害し、アクチノマイシンDはDNAに直接結合し、α-アマニチンはRNAポリメラーゼIIを阻害し、その結果Lce3fの転写が抑制される。さらに、ラパマイシンは、タンパク質合成と細胞増殖に重要な経路であるmTORシグナル伝達を阻害し、それによって間接的にLce3fのレベルを低下させる。Hsp90阻害剤であるゲルダナマイシンは、Lce3fを含むクライアントタンパク質の安定性と活性に必要なシャペロン機能を阻害することにより、その適切なフォールディングを阻害する。最後に、クロロキンはリソソームのpHを上昇させることにより、Lce3fと相互作用したり、Lce3fを制御したりする細胞成分の分解経路に影響を与え、Lce3fの機能を阻害する。それぞれの化学物質は、タンパク質の合成、翻訳後修飾、フォールディング、分解過程への干渉を通して、Lce3fの阻害に寄与している。
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