INO80Bの化学的阻害剤には、クロマチンリモデリングにおけるINO80Bの役割を阻害する様々な化合物がある。例えばトリコスタチンAは、ヒストン脱アセチル化酵素を阻害することにより、アセチル化ヒストンの維持をもたらす。このようにヒストンのアセチル化状態が変化すると、INO80Bがクロマチン構造を効果的に改変できなくなる可能性がある。同様に、DNAやRNAにインターカレートするクロロキンの能力は、INO80BのようなDNA依存性酵素にとって構造的な障害となり、クロマチン基質との相互作用を制限する。微小管の重合を阻害するノコダゾールなどの化合物は、INO80Bに間接的な影響を与えるが、これは有糸分裂時の染色体分離にこのタンパク質が関与しているためである。
さらに、細胞周期の進行に不可欠なDRBによるサイクリン依存性キナーゼの阻害は、細胞周期に関連するINO80Bのクロマチンリモデリング活性を間接的に制限するかもしれない。DNAトポイソメラーゼ複合体を安定化させるエトポシドとカンプトテシンは、DNA切断を引き起こし、その結果、細胞修復機構が関与することになる。この関与は、INO80Bのクロマチンリモデリング機能を間接的に阻害することにつながる。一方、MimosineとAphidicolinは、INO80Bが活発に関与するDNA複製の停止をもたらし、間接的にその活性を制限する。カフェインはDNA修復酵素を阻害し、INO80Bが作用するDNA修復経路を制限する可能性がある。ロカグラミドによる翻訳開始の阻害は、INO80Bの機能に必要な必須タンパク質の利用を制限する可能性もある。最後に、MG132はプロテアソームを阻害することにより、INO80Bが介在するクロマチンリモデリングに重要なヒストンの循環と供給を阻害することができる。これらの化合物は、それぞれ異なるメカニズムを通して、INO80Bがクロマチン構造と機能を改変する役割を果たす能力に影響を与える可能性がある。
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