HoxD4は、Homeobox遺伝子ファミリーに属するHOXD4遺伝子によってコードされるタンパク質である。このファミリーは多くの生物種で高度に保存されており、発生生物学において極めて重要な役割を果たしている。ホメオボックス遺伝子は、発生中の胚のボディプランの制御に関与し、前後軸に沿った構造の形成を指示することで知られている。
HoxD4タンパク質は、他のホメオボックスタンパク質と同様、主に転写因子として機能する。特定のDNA配列に結合し、体節の発達に関与する遺伝子の発現を制御する。特に、HoxD4は椎骨と中枢神経系の形成に極めて重要である。HOXD4遺伝子の変異や誤った制御は、発生異常の原因となる。脊椎動物では、HoxD4の正確な発現は、頚椎と上部胸椎の適切な発達に不可欠である。その役割は初期発生だけにとどまらず、成体における組織の同一性と機能の維持にも関係している。
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