HLA-DQβ2阻害剤には、抗原のプロセシングとプレゼンテーションに関連する様々なメカニズムを通じて、HLAクラスII組織適合抗原であるDQβ2鎖の活性に間接的に影響を与える様々な化合物が含まれる。これらの阻害剤は、主に免疫応答経路の異なる段階や構成要素を標的とし、それによってHLA-DQβ2の機能に影響を与える。クロロキンやヒドロキシクロロキンのような化合物は、HLA-DQβ2を介する抗原提示の重要なステップである抗原プロセシングに重要なエンドソームのpHを変化させることによって作用する。ブレフェルジンAとモネンシンは、それぞれタンパク質の輸送とゴルジ体の機能を破壊し、HLA分子による抗原の適切な提示に影響を与える。
さらに、コルヒチンは細胞骨格機能を破壊し、ツニカマイシンはN-結合型グリコシル化を阻害することにより、HLA-DQβ2に関連する抗原提示経路に影響を与える可能性がある。シクロスポリンA、FK506(タクロリムス)、ラパマイシンなどの免疫抑制剤は、抗原提示におけるHLA-DQβ2の効果的な機能にとって重要な、T細胞機能と免疫細胞の活性化の異なる側面を調節する。さらに、リューペプチン、MG132、ラクタシスチンのような化合物は、それぞれリソソームプロテアーゼとプロテアソームを阻害し、HLA-DQβ2によって提示される抗原ペプチドの生成に影響を与える可能性がある。
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