ヒストンクラスター2 H3C1の化学的阻害剤は、ヒストンタンパク質上のリジン残基からアセチル基を除去するヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)の酵素活性を阻害することによって機能する。これらのアセチル基は、クロマチン構造と遺伝子発現の制御に重要な役割を果たしている。HDACが阻害されると、アセチル基はヒストンクラスター2のH3C1に結合したままとなり、遺伝子転写の増加と関連する弛緩したクロマチン状態となる。例えば、トリコスタチンAはHDACに直接結合し、ヒストンクラスター2 H3C1の脱アセチル化を阻害することが知られている。 この阻害により、よりオープンなクロマチン構造が促進され、ヒストンの周囲にDNAがきつく巻き付くことが防止され、その結果、転写活性化が促進される。
同様に、ボリノスタット、ロミデプシン、ベリノスタットのような化合物は、ヒストンクラスター2 H3C1のアセチル化レベルを上昇させ、遺伝子発現の変化をもたらす。特にボリノスタットは、ヒストンクラスター2 H3C1を含むヒストンの過剰アセチル化を引き起こす広範なHDAC阻害剤である。 この過剰アセチル化状態は、正常なヒストン-DNA相互作用を破壊し、転写装置のDNAへのアクセス性に影響を与える。パノビノスタットやモセチノスタットのような他の化合物もHDACに作用するが、特定のアイソフォームを標的とすることができ、より標的化された方法でアセチル化を調節し、同様にヒストンクラスター2 H3C1の機能に影響を与える。Entinostat、Givinostat、ChidamideのようなHDAC阻害剤もまた、ヒストンクラスター2 H3C1のアセチル化を増加させ、結果としてクロマチン構造と機能を変化させる。酪酸ナトリウムのような短鎖脂肪酸やバルプロ酸のような他の分子もHDAC阻害剤として機能し、ヒストンのアセチル化を増加させ、ヒストンクラスター2 H3C1が仲介するクロマチン状態に影響を及ぼす。 これらの化学的阻害剤は総体的にヒストンクラスター2 H3C1をアセチル化状態に維持し、その結果、クロマチン構造を制御し、このヒストンに関連する転写活性に影響を及ぼす。
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