HDA2を阻害するように設計された化学物質は、主にその脱アセチル化酵素活性を担う触媒ドメインを阻害することによって作用する。例えば、トリコスタチンAとボリノスタットは、クラスIとクラスIIのHDACに作用するHDAC阻害剤であり、HDA2がヒストンおよび非ヒストンタンパク質からアセチル基を除去する能力を効果的に阻害する。この阻害によりアセチル化ヒストンが増加し、HDA2が遺伝子発現に果たす制御的役割に影響を及ぼす。短鎖脂肪酸である酪酸ナトリウムもまた、HDA2を含むクラスIおよびII HDACの脱アセチル化活性を阻害し、このタンパク質を介する遺伝子サイレンシングの低下を引き起こす。同様に、モセチノスタットとアピシジンは、それぞれアイソタイプ選択的でクラスIのHDAC阻害剤であり、HDA2の酵素ドメインを阻害し、エピジェネティック制御に変化をもたらす。
一方、パノビノスタットとベリノスタットは汎HDAC阻害剤で、HDA2を含む複数のHDACの酵素活性を広く阻害する。これらの阻害はヒストンのアセチル化を増加させ、ひいては遺伝子発現プロファイルを変化させる。クラスI HDACに対する特異性は、EntinostatとRomidepsinの特徴であり、両剤ともHDA2の脱アセチル化機能に直接作用し、アセチル化を増加させ、その結果、遺伝子制御に障害をもたらす。JNJ-26481585のような第二世代のHDAC阻害剤は、より高い効力を維持しながら複数のHDACを標的とするように設計されている。HDA2の場合、これはこのタンパク質が通常媒介する遺伝子抑制の変化につながる。ツバスタチンAは、HDA2に対する作用は弱いものの、交差反応によってHDA2に影響を及ぼし、アセチル化レベルを上昇させることによって遺伝子制御におけるその役割を破壊する可能性がある。
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