GLT8D2の化学的阻害剤は、主にタンパク質のグリコシル化とフォールディングプロセスを阻害することにより、様々な生化学的メカニズムで阻害効果を発揮する。スワインソニンは、グリコシル化経路の重要な酵素であるゴルジ体α-マンノシダーゼIIの阻害剤として作用する。この酵素を阻害することで、スワインソニンはGLT8D2の適切なグリコシル化を阻害することができる。デオキシノジリマイシンもグリコシル化経路を標的とするが、α-グルコシダーゼの阻害に重点を置いている。このため、GLT8D2のグリコシル化およびフォールディングが不適切になり、機能が失われる可能性がある。同様に、カスタノスペルミンによるα-グルコシダーゼの阻害は、GLT8D2のグリコシル化状態を変化させ、その活性に影響を与える可能性がある。1-デオキシマンノジリマイシンとキフネンシンは、マンノシダーゼを阻害し、キフネンシンはマンノシダーゼIを阻害する。これらの阻害剤はGLT8D2の適切な成熟を妨げ、ミスフォールディングと機能阻害を引き起こす。
サルブリナール、グアナベンズ、Sephin1はタンパク質合成の制御に関与する因子を阻害する。SalubrinalはeIF2αホスファターゼを選択的に阻害し、タンパク質翻訳を低下させ、間接的にGLT8D2の機能レベルを低下させる。GuanabenzはeIF2αの脱リン酸化を優先的に阻害し、GLT8D2の合成を減少させる。Sephin1は、ストレス条件下で活性化されるeIF2αのPPP1R15Aを介した脱リン酸化を特異的に阻害し、GLT8D2の活性を低下させる可能性がある。対照的に、ISRIBはeIF2B活性を増強し、ストレス下でのGLT8D2合成の減少に対抗することができる。ツニカマイシンはグリコシル化を阻害するもう一つの化学物質であるが、N-結合型グリコシル化を阻害することによって阻害する。ブレフェルジンAは、GLT8D2のプロセシングと機能に不可欠なゴルジ体の機能を破壊する。
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