GEF-2の化学的阻害剤は、細胞内シグナル伝達経路におけるGEF-2の機能的活性を阻害する様々な分子機構を通して、その効果を発揮することができる。スタウロスポリンは幅広いキナーゼ阻害剤であり、GEFの活性化と制御にしばしば重要な役割を果たすリン酸化を阻害することで、GEF-2の活性化を防ぐことができる。同様に、Y-27632によるRho-associated protein kinase (ROCK)の阻害は、GEFを含む下流の標的の活性低下につながり、それによってGEF-2がその基質GTPaseを活性化したり細胞骨格を調節したりする機能的能力を制限する可能性がある。さらに、NSC23766はRac1と特定のGEFとの相互作用を標的にして阻害する。もしGEF-2がRac1上のグアニンヌクレオチド交換の促進に関与しているならば、NSC23766はこの相互作用を阻害することができ、その結果、その後のRac1に依存したシグナル伝達経路を遮断することができる。
LY294002とWortmanninはどちらもホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)の阻害剤として機能し、GEF-2の適切な局在化または活性に必要と思われるPI3Kシグナル伝達を阻害することによって、GEF-2を阻害することができる。PD98059とU0126は、MAPK/ERK経路の上流キナーゼであるMEKの特異的阻害剤であり、リン酸化を介した様々なGEFに対する経路の影響を妨げることによってGEF-2を阻害し、GEF-2の制御動態に影響を与えることができる。SB203580は、p38 MAPキナーゼを阻害することで、ストレス応答とサイトカイン産生のシグナル伝達経路を妨害し、GEF-2の制御環境を変化させる可能性がある。Go6976によるプロテインキナーゼC(PKC)の阻害は、GEF-2の活性に必須と思われるPKCを介したリン酸化を阻害することで、GEF-2の機能を破壊する可能性がある。ML141によるCdc42 GEFの特異的阻害は、Cdc42を標的とする場合、GEF-2の阻害をもたらし、それによってGTPaseの活性化とその下流のシグナル伝達を阻害する。BML-277はChk2阻害剤として、GEFの活性や安定性を調節するDNA損傷応答経路を阻害することで、GEF-2を阻害することができる。最後に、SP600125はJNK阻害剤として作用し、GEF-2の転写または翻訳後修飾を含むGEF活性を制御するシグナル伝達経路を阻害し、その阻害に導くことができる。
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