GDE3阻害剤には、GDE3を直接標的としないものの、GDE3が作用する脂質代謝の広い領域を調節する化学物質が含まれる。これらの化学物質は、脂質プロセッシングとシグナル伝達の様々なノードに作用し、GDE3活性を間接的に制御する可能性がある。例えば、オルリスタットは、食事中の脂肪を分解するのに重要な酵素であるリパーゼを阻害し、GDE3の代謝環境との関連を示唆する。同様に、フェノフィブラートとロシグリタゾンは、PPAR受容体へのアゴニズムを通じて、GDE3の活動領域と間接的に接することができる脂質代謝経路をより広範に調節する。
さらに、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロバスタチンといった一連のスタチンは、脂質代謝のもう一つの側面であるコレステロール合成に光を当てる。HMG-CoA還元酵素を阻害することにより、メバロン酸経路を破壊し、GDE3の可能性を含む複数の脂質修飾酵素に間接的に影響を与える。同様に、GGTI-298やFTI-277のような阻害剤は、タンパク質における特定の脂質修飾を阻害するため、GDE3が関与する脂質代謝プロセス全体に波及効果をもたらす可能性がある。
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