GAPVD1の化学的阻害剤は、上流のシグナル伝達経路や細胞プロセスの阻害を中心とした様々なメカニズムにより、タンパク質の機能を阻害することができる。例えば、WortmanninとLY294002はホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)の強力な阻害剤であり、細胞内の多くのシグナル伝達カスケードを開始するのに必須である。PI3K活性はGAPVD1が正常に機能するための必須条件であり、特に小胞輸送とエンドサイトーシスにおいて重要であるため、これらの化合物による阻害はGAPVD1の機能抑制につながる。同様に、3-メチルアデニンはクラスIII PI3Kを標的とし、GAPVD1が関与する細胞リサイクルプロセスであるオートファジーに影響を与える。PI3Kを阻害することにより、3-メチルアデニンはオートファゴソームの形成を阻害し、GAPVD1のオートファジー機能を抑制する。
直接的なPI3K阻害剤に加えて、スパウチン-1とSAR405はGAPVD1の間接的な阻害にも関与している。Spautin-1はPI3Kの分解を促進し、それによってPI3K/Akt経路のシグナル伝達を弱め、間接的にGAPVD1の活性を低下させる。SAR405はクラスIIIのPI3KであるVps34を特異的に阻害し、オートファジー過程に直接関与する。Vps34を阻害することで、SAR405はオートファジックのフラックスを減少させ、結果としてオートファゴソーム形成におけるGAPVD1の機能に影響を与える。同じくPI3Kを標的とするZSTK474とPIK-IIIは、GAPVD1が関与する下流の活性化経路を抑制し、エンドサイトーシスと小胞輸送におけるタンパク質の役割を阻害する。AS-605240は、主にPI3Kγを阻害することによって免疫細胞の機能に影響を与えるが、GAPVD1が関与する経路を含むPI3K関連経路に広く影響を与えることができる。同様に、RIPK3阻害剤であるGSK-872は、ネクロプトーシス経路に影響を及ぼすことにより、GAPVD1が関与するストレス応答や細胞プロセスに間接的に影響を及ぼす可能性がある。CDK4/6阻害剤であるPD 0332991は、細胞環境を変化させる幅広い作用で細胞周期の進行に影響を及ぼし、GAPVD1が制御するエンドサイトーシス輸送を間接的に阻害する。p38MAPKに作用するSB203580は、細胞ストレス応答経路を変化させ、GAPVD1の作動状況を変化させ、その機能を阻害する可能性がある。最後に、バフィロマイシンA1は、GAPVD1の機能的役割の鍵となるプロセスである小胞輸送とオートファジーに不可欠なステップである小胞酸性化に重要なV-ATPaseプロトンポンプを阻害する。