しかし、ガメトジェネチンが関与している生物学的プロセスを分析することによって、間接的にその機能を阻害する化合物のクラスを推測することができる。ガメトジェネチンは配偶子形成に関与しているので、細胞分裂、DNA複製、クロマチンリモデリングのプロセスを阻害する化合物は、論理的にはガメトジェネチンを阻害する可能性があると考えられる。カンプトテシンやエトポシドなどのDNA損傷を誘発する化合物は、p53の活性化や細胞周期の停止など、配偶子形成に有害な細胞事象のカスケードを開始することによって、間接的に配偶子遺伝因子を阻害する可能性がある。同様に、オラパリブは、主に癌細胞の合成致死性を利用するために用いられるが、DNA損傷を増強することによってガメトジェネチンの機能を阻害し、ガメトジェネチンの配偶子形成における役割に必要な細胞環境を破壊することができる。
同様に、トリコスタチンAや5-アザシチジンなどのエピジェネティックな環境を変化させる化合物は、配偶子形成に必要な遺伝子の発現を調節することにより、間接的に配偶子形成に影響を与える可能性がある。ヒストンの脱アセチル化とDNAのメチル化は遺伝子発現の調節に極めて重要であり、これらのプロセスが阻害されると、ガメトジェネチンやそれが相互作用する遺伝子の発現が変化する状態になる可能性がある。さらに、ボルテゾミブのようなプロテアソーム阻害剤は、細胞ストレスとミスフォールドタンパク質の蓄積を引き起こし、細胞機構を圧倒し、ガメトジェネチンの適切な機能を阻害する可能性がある。ガメトジェネチンが作用する細胞的・分子的背景を理解することにより、これらの化合物は、ガメトジェネチンが直接関与する生物学的過程、例えば配偶子形成などを阻害することにより、間接的にガメトジェネチンを阻害することが提案される。
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