GalNAc-TL4阻害剤は、GalNAc-TL4の糖転移酵素活性を直接的または間接的に阻害する化合物の一種である。ベンジル-α-GalNAcは直接阻害剤であり、競合的基質アナログとして作用する。ベンジル-α-GalNAcはGalNAc-TL4の触媒部位において天然の基質と競合し、その結果、ムチン型O-グリコシル化を開始し伸長する酵素活性を阻害する。アカルボースやスワインソニンのような他の阻害剤は間接的に働く。アカルボースはα-グルコシダーゼを阻害することによってグリコシル化パターンを変化させ、それによってGalNAc-TL4の基質の利用可能性に影響を与える。スワインソニンはα-マンノシダーゼIIを標的とし、GalNAc-TL4を典型的な糖タンパク質の標的から遠ざける異常なグリコシル化を引き起こし、間接的にその機能を阻害する。
チュニカマイシン、カスタノスペルミン、デオキシノジリマイシン、デオキシマンノジリマイシンなどの化合物はグリコシル化プロセッシング経路を破壊し、GalNAc-TL4が作用するための適切に折り畳まれた糖タンパク質のプールを減少させる。例えば、ツニカマイシンは、糖タンパク質の合成の初期段階において必須であるN-アセチルグルコサミン(GlcNAc)からドリコールリン酸への転移を阻害することにより、N-結合型糖鎖形成を阻害する。その結果、N-結合型グリコシル化の阻害は、GalNAc-TL4の活性に必要な糖タンパク質の基質の全体的な減少につながる。
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