FOXK2阻害剤には、クロマチン構造、DNAメチル化、およびFOXK2が相互作用することが知られている様々なシグナル伝達カスケードに影響を与えることによって、間接的にFOXK2の転写活性を標的とする様々な化学物質が含まれる。これらの阻害剤は、FOXK2タンパク質そのものに直接結合するのではなく、FOXK2が作用する細胞内の状況を変化させることによってFOXK2に影響を与える。
前者はヒストン脱アセチル化酵素を阻害することにより、FOXK2のクロマチンアクセシビリティに影響を与える可能性があり、後者はDNAメチル化酵素を阻害することにより、FOXK2標的遺伝子のDNAメチル化状態に変化をもたらす可能性がある。LY294002、WortmanninおよびRapamycinは、それぞれPI3K/AKTおよびmTORのような主要なシグナル伝達経路に作用し、FOXK2によって影響を受けるものを含む無数の細胞プロセスを制御することが知られている。PD98059とSB203580はMAPKシグナル伝達経路を標的とし、FOXK2の細胞増殖とストレス応答における役割に下流で影響を及ぼす可能性がある。SP600125のJNKシグナル伝達阻害は、FOXK2のアポトーシスへの関与に影響を与える可能性があり、MG132のプロテアソーム阻害は、FOXK2タンパク質の安定性と分解に影響を与える可能性がある。
分子シャペロンであるHSP90に対する17-AAGの影響は、間接的にFOXK2の安定性に影響を与える可能性がある。サーチノールがサーチュインを阻害することで、FOXK2のアセチル化状態が変化し、それによって活性が変化する可能性がある。最後に、ICG-001によるWnt/β-カテニン経路の阻害は、FOXK2が関与する転写プログラムを変化させる可能性がある。まとめると、これらの化学物質は、細胞内でのFOXK2の活性、安定性、相互作用を調節することができ、それによって遺伝子制御と細胞プロセスにおけるFOXK2の機能の間接的阻害剤として機能する。
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