LY294002とU0126は、それぞれPI3K/Akt経路とMEK/ERK経路を阻害することにより、極めて重要な役割を果たす。この破壊は、しばしばタンパク質の活性を抑制している負のフィードバックを解除し、これらの経路内のタンパク質をより強力に活性化することを可能にする。SB203580、PD98059、ラパマイシンなどの化合物も同様のアプローチをとるが、作用するキナーゼは異なる。SB203580はp38 MAPKシグナル伝達を和らげ、PD98059はMEK1/2を標的とし、ラパマイシンはmTORシグナル伝達を阻害する。これらの阻害剤は、間接的にこれらのキナーゼによって制御されているタンパク質の活性上昇に寄与し、FLJ45831のようなタンパク質が活性上昇を示す環境を作り出す。
セカンドメッセンジャーの調節は、FLJ45831を活性化するもう一つの手段となる。例えば、フォルスコリンは、PKAを活性化する重要なセカンドメッセンジャーであるcAMPの産生を触媒し、続いて標的タンパク質のリン酸化を引き起こす。イオノマイシンは、細胞内カルシウムを増加させることにより、カルモジュリン依存性キナーゼの活性化を引き起こし、タンパク質とその機能をさらに修飾する。PKCを活性化するPMAの役割もまた、タンパク質のリン酸化を引き起こし、その活性を変化させる。オカダ酸やカリクリンAのようなホスファターゼ阻害剤は、PP1やPP2Aの作用を阻害することにより、タンパク質がリン酸化された状態を維持することを確実にする。この持続的なリン酸化状態は、タンパク質の活性を維持するために極めて重要である。逆に、KN-93とBisindolylmaleimide Iは、それぞれCaMKIIとPKCの阻害剤として機能し、これらのキナーゼが関与する負のフィードバックを減少させることにより、タンパク質の活性化を間接的に増加させる可能性がある。
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