スタウロスポリンのようなFLJ45513阻害剤はよく知られたキナーゼ阻害剤であり、タンパク質のリン酸化状態を変化させることができる。同様に、U0126とSB431542は、それぞれMEK1/2とTGF-βシグナル伝達を阻害することができ、これらの経路は遺伝子発現とタンパク質活性の制御と密接に関係している。SP600125とLY333531のような化合物は、それぞれJNK経路とプロテインキナーゼC βを標的とし、どちらも転写因子や他のタンパク質の制御に関与している。PP2はSrcファミリーキナーゼを阻害することにより、PD173074はFGFRを標的とすることにより、複雑なシグナル伝達ネットワークを通じて複数の下流タンパク質に影響を与えることができる。
さらに、Y-27632とZM447439は、それぞれ細胞骨格と細胞周期の進行に影響を与え、それによってタンパク質の機能と局在を変化させる可能性がある。DorsomorphinとXAV939、そしてIWP-2は、細胞の分化、成長、発達に重要なBMPとWnt/β-カテニンシグナル伝達経路を標的とする。これらの経路は多数のタンパク質の制御に関係しており、その阻害はタンパク質の機能に広範囲に影響を及ぼす可能性がある。
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