FATP4の化学的阻害剤には、タンパク質の機能を阻害する多様なメカニズムがある。トリアクシンCは、FATP4を直接標的とし、その長鎖アシル-CoA合成酵素活性を阻害する。この酵素機能を阻害することで、トリアクシンCは脂肪酸の活性化を阻止する。脂肪酸はその後の代謝と貯蔵に必要な重要なステップである。この直接的阻害は、FATP4の機能的能力を低下させる明確な方法である。同様に、グリセオフルビンは、細胞内脂肪酸輸送に不可欠な微小管機能を損なうことにより、FATP4の活性を阻害する。微小管は脂質小滴の輸送に不可欠であるため、グリセオフルビンの作用はFATP4の輸送効力の低下につながる可能性がある。ビンクリスチンもまた微小管の集合を破壊し、FATP4を介する脂肪酸輸送に対するグリセオフルビンの作用と同様の結果をもたらす。
エトモキシルはFATP4に結合して不活性化し、FATP4が関与する脂肪酸の取り込みとその後の酸化を阻害する。一方、ペルヘキシリンは、脂肪酸のβ酸化に極めて重要な酵素であるミトコンドリアのカルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ-1を標的とすることで、間接的にFATP4を阻害する。ペルヘキシリンによる阻害は、FATP4の基質利用可能性の減少につながる可能性がある。ルテオリンは、脂質代謝に関与する様々なタンパク質の発現を抑制し、それによって脂肪酸輸送におけるFATP4の機能的能力を低下させる。クルクミンも同様に、FATP4と連動する主要酵素の発現を低下させ、FATP4の活性を全体的に低下させる。カプサイシンは、脂質代謝を司る細胞内シグナル伝達経路に影響を与えるため、FATP4の活性に影響を与える。チロシンキナーゼ阻害剤であるゲニステインは、FATP4が関与する下流の脂質代謝経路を変化させ、その結果、FATP4の機能が阻害される。シグリタゾンは、ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ(PPARγ)を活性化し、その結果、FATP4が相互作用する酵素の発現を変化させ、その活性を調節することができる。スルフォラファンは、核内因子赤血球2関連因子2(Nrf2)を活性化し、FATP4に関連する輸送タンパク質の発現を低下させ、脂質輸送における機能的役割を制限する可能性がある。最後に、ベルベリンは、FATP4とそれに関連する脂質代謝タンパク質の発現低下につながる代謝経路に影響を与え、FATP4活性の全体的な阻害に寄与する。これらの化学物質はそれぞれ、様々な経路とメカニズムを通して、FATP4の阻害を確実にし、脂肪酸代謝におけるその役割に影響を与える。
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