FAM90Aファミリーのメンバーとして、FAM90A9は核機能を示す構造ドメインを持つことが予測され、ファミリーの特徴と一致している。FAM90A9のドメインとモチーフは、遺伝子発現の制御、DNA修復への参加、クロマチンリモデリングに関与している可能性があるが、これらの役割はまだ実験的に立証されていない。
FAM90A9を含むFAM90Aファミリータンパク質に核局在シグナルが存在することは、FAM90A9が核内コンパートメントで機能しているという仮説を支持している。ここで、おそらく転写因子と相互作用することによって、あるいはクロマチン状態を調節する複合体の一部となることによって、転写制御に影響を与え、細胞周期の制御、分化、ゲノムの安定性などの様々な細胞プロセスに重要な遺伝子発現パターンに影響を与える可能性がある。組織特異的発現解析、遺伝子ノックダウン、過剰発現研究などの実験的調査によって、FAM90A9の機能的意義についての知見が得られる可能性がある。このような研究により、生理的および発生過程におけるFAM90A9の役割、あるいは異常な発現パターンが病態と関連している場合には、病態におけるFAM90A9の役割が明らかになるかもしれない。
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