FAM46Cを標的とする化学的阻害剤は、FAM46Cの生物学的機能に関連する細胞内プロセスの調節に収束する、多様な作用機序を持つ化合物群を構成するであろう。これらの阻害剤の主なアプローチは、FAM46Cが活性を示すと考えられている遺伝子発現の主要段階であるRNA合成、プロセシング、翻訳に影響を与えることであろう。FAM46CがRNAのポリアデニル化と翻訳に関与していることから、アクチノマイシンDやα-アマニチンのような阻害剤はmRNAの転写を阻害し、間接的にFAM46Cの制御範囲に影響を及ぼす可能性がある。DRBやコルディセピンのような化学物質は、それぞれRNAポリメラーゼIIの活性とmRNAのポリアデニル化を変化させ、それによってmRNAの安定性と翻訳に対するFAM46Cの下流効果に影響を与える可能性がある。
さらに、リバビリンやツニカマイシンのような化合物は、それぞれmRNAのキャッピングやタンパク質のグリコシル化に作用することで、翻訳プロセスを調節する能力を持ち、mRNA調節におけるFAM46Cの機能に間接的に影響を与える可能性がある。シクロヘキシミド、ピューロマイシン、ホモハリントニン、アニソマイシン、エメチンによるタンパク質合成の阻害もまた、細胞内の翻訳状況を変化させ、それによってFAM46Cによって特異的に制御されているmRNAに影響を与えるだろう。スプライセオスタチンAは、CAS番号はないが、mRNAのスプライシングに影響を与えるため、FAM46Cが制御に関与していると思われる成熟転写産物の生成に重要なプロセスである。
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