ExoC3Lの化学的阻害剤は、タンパク質の機能を阻害するために様々なメカニズムを用いる。イソチオシアン酸ベンジルとイソチオシアン酸フェネチルは、ExoC3L活性部位内のシステイン残基を共有結合で修飾し、タンパク質の構造を変化させて酵素活性を阻害する。同様に、アリシンはExoC3L上のチオール基と反応してジスルフィド結合を形成し、タンパク質の構造と機能を破壊する可能性がある。一方、オーラノフィンは、タンパク質内のチオール基に不可逆的に結合することでExoC3Lを標的とし、チオール依存性の酵素活性を阻害する。クルクミンもまた、活性部位に結合することでExoC3Lに対する阻害効果を発揮し、基質へのアクセスを阻害して酵素機能を阻害する。同様に、カプサイシンは、タンパク質の三次構造を変化させるか、活性部位への基質アクセスを妨害することによってExoC3Lを阻害し、酵素活性の低下をもたらす。
エブセレンやオルチプラズなどの他の阻害剤は、間接的な経路でExoC3Lの活性を調節する。エブセレンはグルタチオンペルオキシダーゼ活性を模倣し、活性酸素種レベルを低下させる。この還元は、ExoC3Lの最適な活性に必要なシグナル伝達経路を減衰させ、結果としてその活性を阻害する。オルティプラズは、Keap1-Nrf2経路との相互作用を通じて、細胞の酸化還元状態を変化させ、その結果、ExoC3Lの機能を阻害する可能性がある。スルフォラファンもまたNrf2経路を活性化し、ExoC3Lの機能を阻害する可能性のある解毒酵素や抗酸化酵素の発現を誘導する。エラグ酸は、ExoC3Lの触媒活性に不可欠な金属イオンをキレート化することで、その酵素機能を阻害するという異なるアプローチをとる。最後に、エピガロカテキンガレート(EGCG)はExoC3Lに結合し、水素結合と疎水性相互作用によってその酵素機能を妨げ、タンパク質の正常な活性を阻害する。
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