DYDC2阻害剤には、エピジェネティックなメカニズムの調節を通じて阻害機能を発揮する様々な化合物が含まれ、主にヒストンのアセチル化やメチル化の状態に影響を与え、その結果DYDC2の発現を抑制することができる。これらの阻害剤には、ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤が含まれ、クロマチン構造を変化させ、遺伝子発現を抑制することができる。HDACを阻害することで、これらの化合物はヒストンからアセチル基が除去されるのを防ぎ、転写に寄与しにくい、よりオープンなクロマチン状態を維持する。クロマチンランドスケープのこの変化は、DYDC2をコードする遺伝子など、標的となるHDACに関連する遺伝子の転写活性を低下させる一因となりうる。このカテゴリーに属する他の阻害剤は、特定のHDACクラスを標的とすることが可能であり、遺伝子発現パターンへの影響をさらに精緻化し、DYDC2の抑制につながる可能性がある。
さらに、DNAメチル化プロセスに影響を及ぼす阻害剤も、DYDC2の発現を低下させる役割を果たす可能性がある。ヌクレオシドを模倣する化合物やDNAメチル化酵素を阻害する化合物は、DNAの低メチル化を引き起こす可能性がある。しかしながら、適切なメチル化パターンを阻害することにより、これらの阻害剤は遺伝子発現の正常な制御を乱し、DYDC2を含む特定の転写産物のレベルの低下につながる可能性がある。ヌクレオシドアナログのDNAやRNAへの取り込みは、メチル化に影響を与えるだけでなく、ヌクレオチドの合成をミスリードし、特定の遺伝子のダウンレギュレーションをさらに助長する可能性がある。
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