DnaJC21阻害剤は主に、タンパク質のフォールディング、翻訳後修飾、細胞内シグナル伝達経路のいずれかを標的とし、特異的な阻害を達成する。例えば、ゲルダナマイシンはHsp90阻害剤であり、DnaJC21のフォールディングにおいてHsp90が果たすシャペーリングの役割を破壊し、結果としてタンパク質を不安定化させ、その分解を引き起こす。同様に、シクロヘキシミドはペプチドの伸長を阻害し、DnaJC21の合成に直接影響を与える。一方、ダサチニブやSB203580のような阻害剤は、細胞内シグナル伝達経路、特にそれぞれSRCとp38 MAPKに焦点を当てている。これらの阻害剤は、細胞内でのDnaJC21の機能的局在と活性に不可欠なタンパク質のリン酸化を抑制する。
MK-2206のような別のクラスの阻害剤は、AKT経路を破壊し、それによってDnaJC21の機能性に重要な翻訳後修飾を損なう。NUAKキナーゼ阻害剤であるWZ4003は、AMPK経路を阻害し、その結果、DnaJC21と相乗的に機能するタンパク質をダウンレギュレートする。バフィロマイシンA1は、エンドソームの酸性化を阻害することによって、阻害にもう一つの層を加え、その結果、DnaJC21が誤局在化し、その機能が損なわれる。これらの特定の生化学的プロセスを標的とすることで、DnaJC21阻害剤は、無関係な細胞プロセスに包括的な影響を及ぼすことなく、タンパク質の活性を効果的に低下させる。
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