DnaJC11阻害剤には、様々な細胞内経路を阻害し、それによって間接的にDnaJC11タンパク質の機能発現と制御機構に影響を与えることができる多様な化合物が含まれる。これらの阻害剤には、DnaJC11が関与することが知られている重要なプロセスである、ミトコンドリア機能、タンパク質フォールディング、細胞ストレス応答を阻害する薬剤が含まれる。阻害剤は、しばしばその主要な生物学的標的とは無関係であるが、DnaJC11の細胞環境に影響を与える能力を持つ、異なるメカニズムによってこれらのプロセスを標的としている。例えばオリゴマイシンは、ATP産生に重要なミトコンドリアのATP合成酵素を破壊する化合物である。
この破壊は細胞のエネルギー状態を変化させ、DnaJC11のようなミトコンドリアの完全性に関連するタンパク質を含む、ATPに依存するタンパク質に影響を与える。同様に、ミトコンドリア透過性移行孔を調節するシクロスポリンAもミトコンドリア機能を変化させる可能性があり、ミトコンドリアに関連するタンパク質に影響を及ぼす可能性がある。チュニカマイシンやゲルダナマイシンなどの化合物は、タンパク質のフォールディングやシャペロンネットワークに影響を与える。ツニカマイシンは、多くのタンパク質の適切なフォールディングに不可欠な翻訳後修飾であるN-結合型グリコシル化を阻害するため、タンパク質のホメオスタシスに影響を与え、DnaJC11の作動にも影響を与える可能性がある。ゲルダナマイシンとその誘導体である17-AAGはHsp90に結合し、その機能を調節することによってシャペロンタンパク質のネットワークを変化させ、同じ経路におけるDnaJC11の役割に下流から影響を及ぼす可能性がある。これらに加えて、ブレフェルジンAやクロロキンのように、それぞれ細胞内輸送とリソソーム機能を阻害する薬剤がある。ブレフェルジンAは、小胞体とゴルジ装置間のタンパク質の交換を阻害する。このプロセスは、細胞タンパク質の適切な選別と機能にとって重要である。
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