DNA リガーゼ III 阻害剤のクラスには、間接的な阻害という観点では、DNA 合成、複製、修復プロセスのさまざまな側面を標的とする化合物が含まれます。これらの阻害剤は DNA リガーゼ III に直接作用するわけではありませんが、細胞環境や、DNA 修復経路におけるその機能に必要な基質の利用可能性を変化させることで、その活性に影響を与えます。ヒドロキシ尿素、メトトレキサート、5-フルオロウラシルなどのヌクレオチド生合成に影響を与える薬剤は、DNA修復に必要なヌクレオチドの利用可能性を変化させることで、間接的にDNAリガーゼIIIに影響を与える可能性があります。シスプラチン、ブレオマイシン、ドキソルビシン、ゲムシタビンなどの化合物はDNA損傷を引き起こし、DNAリガーゼIIIを含むDNA修復経路の需要を高める可能性がある。その結果、その効率と能力に影響を及ぼす可能性がある。
さらに、エトポシド、カンプトテシン、アフィジコリンなどのDNA複製酵素を標的とする阻害剤は、酵素が関与するプロセスを妨害することでDNAリガーゼIIIに影響を及ぼす可能性がある。トポイソメラーゼおよびDNAポリメラーゼの阻害は、DNA複製の正確性と完全性に影響を及ぼし、DNAリガーゼIIIが関与する修復メカニズムの必要性を高める可能性がある。PARP阻害剤であるオラパリブは、DNA修復経路、特に一本鎖切断に対する反応を調節することで、DNAリガーゼIIIに間接的に影響を与える別のメカニズムを表している。N-エチルマレイミドはシステイン残基を修飾し、DNAリガーゼIIIを含むDNA修復に関与するタンパク質の機能を間接的に影響させる可能性がある。
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