DEPDC4の化学的阻害剤は、タンパク質のシグナル伝達経路を阻害することによってその活性を阻害するために、様々なメカニズムで機能することができる。スタウロスポリンは強力なキナーゼ阻害剤として知られており、DEPDC4の機能に不可欠なリン酸化事象を阻止することができる。リン酸化はタンパク質を活性化したり不活性化したりする翻訳後修飾なので、この阻害は直接的である。同様に、Bisindolylmaleimide Iは、DEPDC4またはそのシグナル伝達カスケード内のタンパク質のリン酸化に関与すると思われるキナーゼであるプロテインキナーゼCを標的とする。このキナーゼを阻害することで、Bisindolylmaleimide IはDEPDC4のリン酸化とその後の活性化を抑える。PI3K阻害剤であるLY294002とWortmanninは、いずれもDEPDC4の上流のキナーゼ活性を低下させ、DEPDC4の活性化に寄与するであろう経路を減少させる。PI3Kは細胞機能を制御する無数のシグナル伝達経路に関与しており、その中にはDEPDC4のようなタンパク質の制御も含まれうるので、このことは特に重要である。
これらに加えて、MEK阻害剤であるU0126とPD98059は、MAPK/ERK経路を抑制する。MAPK/ERK経路は、DEPDC4と相互作用する、あるいはDEPDC4と同じ経路にあるタンパク質の制御に寄与することが知られている。この抑制により、DEPDC4の機能活性が低下する。mTORシグナル伝達は多くの細胞タンパク質の活性化に重要であるため、ラパマイシンが細胞増殖の重要な調節因子であるmTORを阻害することは、DEPDC4活性の低下を含む同様の下流効果をもたらす。JNK阻害剤SP600125とp38 MAPK阻害剤SB203580も同様に、DEPDC4のシグナル伝達経路内で基質をリン酸化すると思われるキナーゼを阻害し、それによってDEPDC4の活性を低下させる。Srcファミリーキナーゼ阻害剤PP2は、DEPDC4をリン酸化する可能性のあるキナーゼの活性を阻害し、その活性を低下させる。ダサチニブはSrcファミリーキナーゼとBCR-ABLに広く作用し、阻害されるとリン酸化カスケードを減少させることによりDEPDC4活性を低下させる。最後に、エルロチニブは、DEPDC4が関与するシグナル伝達経路の一部であるEGFRチロシンキナーゼを阻害し、EGFRを阻害することにより、DEPDC4の活性化を間接的に阻害することができる。これらの化学物質はそれぞれ特定のキナーゼや経路を標的としており、阻害されると、DEPDC4の機能にとって重要なリン酸化が制限され、DEPDC4の活性が低下する。
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