COPZ2の化学的阻害剤は、細胞内輸送におけるタンパク質の機能にとって重要な様々な細胞内プロセスを阻害することができる。モネンシン(Monensin)はナトリウムイオン輸送を阻害する。ナトリウムイオン輸送は、COPZ2が小胞輸送の役割を果たすために依存しているイオン勾配の維持に不可欠である。イオンのホメオスタシスの乱れは、機能障害のカスケードを引き起こし、最終的にはCOPZ2が小胞輸送を促進する能力を阻害する。同様に、ブレフェルジンAは、COPZ2が構成するコートマー複合体の形成に必要なADPリボシル化因子を標的とする。この因子を阻害することにより、ブレフェルジンAはコートマー複合体の適切なアセンブリーを妨げ、COPZ2の機能を直接阻害する。一方、ノコダゾールとラトルンクリンBは細胞骨格を標的とするが、そのメカニズムは異なる。一方、ラトルンクリンBはアクチン重合を阻害し、アクチン細胞骨格に影響を与え、結果として小胞輸送におけるCOPZ2の役割を阻害する。
サイトカラシンD、ダイナソア、ML141のような他の阻害剤は、細胞骨格の組織化と小胞の動態を異なる方法で阻害する。シトカラシンDはアクチンフィラメントに作用し、COPZ2が関与する小胞輸送系に必要な全体構造を維持する役割を果たす。ダイナソアは、ダイナミンGTPase活性を阻害することにより、ゴルジ装置からの小胞の排出を阻害し、それによってCOPZ2の役割に影響を与える。ML141は、Cdc42 GTPaseを特異的に標的として阻害し、小胞輸送経路に重要なアクチン細胞骨格の乱れを引き起こし、COPZ2を阻害する。Golgicide AとSecinH3は、それぞれゴルジ体構造とARF GTPaseシグナル伝達の制御を標的としている。Golgicide Aはゴルジ体BFA抵抗性因子1を阻害し、COPZ2が働くゴルジ体構造を破壊し、SecinH3はARF GTPaseシグナル伝達を阻害し、コートタンパク質複合体の組み立てとCOPZ2の機能を損なう。最後に、Exo1とEndosidin1は小胞の形成と融合を制御する。Exo1はARFファミリーメンバーの活性化を阻害し、COPZ2が関与するコートマーのリクルートメントと機能に影響を与え、Endosidin1はエキソシスト複合体サブユニットEXO70を阻害し、小胞の繋留と融合イベントを変化させるが、これは小胞輸送におけるCOPZ2の役割に不可欠なプロセスである。
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