CDYLの化学的阻害剤は、クロマチン構造の調節を通じて阻害効果を発揮し、それによってタンパク質がクロマチンターゲットと相互作用して修飾する能力に影響を与える。トリコスタチンA、バルプロ酸、モセチノスタット、エンチノスタット、パノビノスタット、ボリノスタット、ロミデプシン、ベリノスタット、チダミド、キシノスタット、ジビノスタット、タセシナリンはすべてヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤であり、CDYLが標的とする可能性のあるヒストンの脱アセチル化を阻害する。これらのHDAC阻害剤はアセチル化ヒストンの蓄積を招き、クロマチンのコンフォメーションがよりオープンになる可能性がある。CDYLはクロマチンとの相互作用を通じてクロマチンリモデリングや遺伝子制御に関与することが知られているため、これらの阻害剤によって誘導される高アセチル化状態は、CDYLがクロマチンと効果的に結合する能力を損なう可能性がある。その結果、クロマチンコンパクションと遺伝子サイレンシングに関与するCDYLの正常な機能が阻害される可能性がある。
例えば、トリコスタチンAやボリノスタットは、クロマチンを高アセチル化状態に維持することができるため、CDYLがクロマチン構造に対する抑制機能を発揮するのを妨げる。エンチノスタットのクラスI HDACに対する選択性は、CDYLのクロマチン相互作用に重要なヒストンのアセチル化レベルを特異的に変化させる。同様に、ロミデプシンやチダミドのようなベンズアミドクラスのHDAC阻害剤の環状ペプチド構造は、ヒストンのアセチル化ダイナミクスを変化させ、CDYLがクロマチンリモデリング活性を発揮するのに好ましくない環境をもたらす。パノビノスタットは汎HDAC阻害剤であるため、ヒストンのアセチル化に広く影響し、さまざまなゲノム遺伝子座にわたってCDYLとクロマチンとの相互作用を広範囲に低下させる可能性がある。これらの化学物質によるヒストンアセチル化パターンの変化は、CDYLがクロマチン組織化と遺伝子発現調節においてその機能を果たすのに必要なヒストン修飾の微妙なバランスを崩す。
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