Cdc50B阻害剤は、特定のシグナル伝達経路や生物学的プロセスを通じて、Cdc50Bの機能に直接的または間接的に影響を与えることができる多様な化合物群である。II型膜タンパク質であるCdc50Bは、ある種のATPアーゼの細胞膜への輸送に関与していることが知られている。オワバインやモネンシンなどの阻害剤は、イオンのホメオスタシスを破壊し、その活性に必要不可欠なイオンバランスを変化させることにより、間接的にCdc50Bを阻害する可能性がある。カルシウム拮抗薬であるベラパミルやニフェジピンもまた、カルシウム依存性の細胞プロセスを阻害することにより、間接的にCdc50Bを阻害する可能性がある。
ブレフェルジンAとツニカマイシンはタンパク質の輸送とプロセッシングに作用する。ブレフェルジンAはゴルジ装置の構造を破壊し、小胞体からゴルジ体へのタンパク質の輸送を阻害し、細胞膜への適切な輸送を阻害することによって間接的にCdc50Bを阻害する。ツニカマイシンは、多くのタンパク質の適切なフォールディングと機能に必要な修飾であるN-結合型グリコシル化を阻害する。Cdc50Bはグリコシル化されたタンパク質であるため、このプロセスが阻害されると機能障害につながる可能性がある。シクロスポリンA、フェニルアルシンオキシド、タプシガルギン、2-デオキシ-D-グルコース、クロルプロマジン、アミロリドのような他の阻害剤は、ホスファターゼ活性、カルシウムホメオスタシス、解糖、膜特性からイオンチャンネルに至るまで、細胞プロセスの様々な側面に影響を及ぼす。これらのプロセスが阻害されると、Cdc50Bの機能的活性が低下する。例えば、シクロスポリンAはカルシウム依存性セリン・スレオニンホスファターゼであるカルシニューリンを阻害し、タンパク質の輸送と機能に影響を与え、それによって間接的にCdc50B活性に影響を与える。
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