CCDC90Aの化学的阻害剤は、ミトコンドリアのカルシウムユニポーター(MCU)複合体におけるCCDC90Aの役割を阻害することによって機能する。例えば、Ru360はMCU複合体の特異的阻害剤として知られており、MCUに直接結合してミトコンドリアへのカルシウム取り込みを阻害する。この経路を阻害することにより、Ru360はミトコンドリアのカルシウムイオン輸送を制御するCCDC90Aの能力を機能的に阻害する。ルテニウムレッドも同様に、MCU複合体内のCCDC90Aの必須機能であるミトコンドリアへのカルシウム取り込みを阻害することによって作用する。さらに、KB-R7943やCGP-37157のような化合物は、主にNa+/Ca2+交換体を標的とするが、間接的にCCDC90Aの機能を制限することができる。一方、CGP-37157はミトコンドリアのNa+/Ca2+交換体を阻害することで、ミトコンドリアのカルシウムを増加させ、システムに過負荷をかける可能性があり、それによってCCDC90Aがカルシウムの流入を調節する能力を低下させる可能性がある。
塩化ガドリニウムや塩化ランタン(III)のような他の阻害剤は、一般的なカルシウムチャネル遮断剤として作用し、CCDC90Aがミトコンドリア空間で仲介するように設計されているカルシウムフラックスそのものを抑制することにより、間接的にCCDC90Aに影響を与える可能性がある。同様に、ベラパミル、ジルチアゼム、ニフェジピン、アムロジピンなどのカルシウムチャネル遮断薬は、伝統的に細胞膜のL型カルシウムチャネルを阻害するために使用されているが、細胞内カルシウムレベルにも影響を与える可能性があり、その結果、CCDC90Aが維持するのに役立っているミトコンドリアのカルシウムホメオスタシスに影響を与える可能性がある。さらに、IP3受容体の阻害剤である2-APBは、貯蔵作動性カルシウムのエントリーを調節し、それによって細胞内カルシウムシグナル伝達を変化させることによって間接的にCCDC90Aに影響を与える。最後に、SKF-96365は受容体を介したカルシウムの進入と貯蔵型カルシウムチャネルを阻害するが、CCDC90Aが活動するミトコンドリア内のカルシウム動態を変化させることによってもCCDC90Aに影響を与えることができる。これらの化学物質はそれぞれ、カルシウム調節と輸送の異なる側面を標的とすることによってCCDC90Aを機能的に阻害し、それによってミトコンドリア環境内でのタンパク質の活性に影響を与えることができる。
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