オラパリブやマイトマイシンCのような化合物はDNA修復経路に影響を与える可能性があり、このプロセスに関与している可能性のあるCCDC79のようなタンパク質の機能を変化させる可能性がある。同様に、トポイソメラーゼ阻害剤であるカンプトテシンやエトポシドは、DNA修復タンパク質の関与を必要とするDNA損傷を引き起こす可能性がある。ノコダゾールやロスコビチンのような阻害剤は、細胞分裂や細胞周期の調節過程に作用し、有糸分裂や細胞周期のチェックポイントで役割を果たすタンパク質の活性や調節に影響を与える可能性がある。
トリコスタチンAは、クロマチンダイナミクスと遺伝子発現を変化させ、それによってこれらのプロセスを制御するタンパク質に影響を与えることができる阻害剤である。クロロキンのようなオートファジー阻害剤は、細胞分解経路に影響を及ぼし、リソソーム分解に関連するタンパク質の機能に影響を与える可能性がある。プロテアソーム阻害剤であるボルテゾミブは、タンパク質の蓄積を引き起こし、タンパク質のターンオーバーや関連する制御機構に影響を与える可能性がある。ヒドロキシ尿素とアフィジコリンはDNA合成を阻害することにより作用し、ヌクレオチド代謝とDNA複製に関与するタンパク質に影響を与える可能性がある。
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