CCDC58阻害剤には、様々な作用機序によって阻害効果を発揮する多様な化合物が含まれるが、そのすべてが、CCDC58が働くと推定されるミトコンドリアの機能性を破壊することに集約される。mTOR阻害剤であるラパマイシンは、このミトコンドリアタンパク質に潜在的に関連する複合体であるmTORC1を阻害することにより、CCDC58の安定性と機能性を損ない、一方、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤であるトリコスタチンAは、ミトコンドリアタンパク質をコードする遺伝子の発現を変化させ、間接的にCCDC58の活性低下につながる可能性がある。オリゴマイシンとロテノンはミトコンドリアの電子伝達鎖の異なる成分を標的としており、オリゴマイシンAはATP合成酵素を阻害し、ロテノンは複合体Iを阻害する。同様に、シアン化カリウムによるシトクロムcオキシダーゼの阻害とカルボニルシアニドm-クロロフェニルヒドラゾンによるミトコンドリア膜電位のカップリング解除は、重要なミトコンドリア機能を破壊し、CCDC58の活性を低下させる可能性がある。
さらに、ミトコンドリアの完全性をターゲットとするアンチマイシンAは、電子伝達鎖の複合体IIIを阻害し、2-デオキシ-D-グルコースは解糖を阻害し、CCDC58のミトコンドリアへの関与に影響を与えうるエネルギーストレスにつながる。クロラムフェニコールによるミトコンドリアタンパク質合成の阻害とチュニカマイシンによるN-結合型グリコシル化の阻害は、CCDC58を含むミトコンドリア膜タンパク質の安定性を損なう可能性がある。タプシガルギンによるSERCAポンプ阻害を介したカルシウムホメオスタシスの撹乱は、ミトコンドリア機能の下流に影響を及ぼし、CCDC58の活性を低下させる可能性がある。最後に、MEK阻害剤PD 98059は、ミトコンドリアの動態と機能に影響を及ぼす可能性のあるマイトジェン活性化プロテインキナーゼ(MAPK)シグナル伝達経路を変化させることにより、間接的にCCDC58に影響を及ぼす可能性がある。これらの阻害剤を総合すると、CCDC58活性の制御におけるミトコンドリア経路の極めて重要な役割が浮き彫りになり、細胞エネルギー装置の不可欠な構成要素を標的とすることの複雑さが浮き彫りになった。
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